1999年，中央工藝美術學院與清華大學合并，更名為清華大學美術學院，以此為契機，學院在原裝飾藝術系的基礎上成立繪畫系。自建系以來，學院充分挖掘原有的繪畫專業(yè)教學資源及潛力，并廣泛吸納引進國內(nèi)外優(yōu)秀的繪畫專業(yè)人才，至今，繪畫系已形成一支具有廣泛社會影響和深厚學術創(chuàng)作實力的繪畫專業(yè)教學科研團隊，為社會培養(yǎng)了大量的繪畫創(chuàng)作及研究人才。
在教學實踐和創(chuàng)作研究過程中，繪畫系一方面秉承了原中央工藝美術學院造型藝術學科的學術思想及教學主張；另一方面，為適應新的藝術發(fā)展和教育形勢的變化，堅持開放性、綜合性和探索性的教學理念，博采眾長，兼容并蓄。自1956年原中央工藝美術學院成立以來，學院先后匯集了一批具有深厚學術造詣，在國內(nèi)外有著廣泛影響的藝術大家，如龐薰琹、張光宇、祝大年、衛(wèi)天霖、張仃、吳冠中、袁運甫等人。在藝術教育和創(chuàng)作實踐中，他們都堅持從藝術本體出發(fā)，將形式視為嚴謹?shù)乃囆g科學，強調(diào)深研繪畫造型藝術規(guī)律。他們積極吸納中國民族民間藝術傳統(tǒng)，并從印度、埃及、拉丁美洲等其他民族藝術以及西方現(xiàn)代藝術中獲取藝術養(yǎng)料，將東方與西方、傳統(tǒng)與現(xiàn)代、大俗與大雅的藝術融為一體，擷英取要。同時，他們主張扎根生活、扎根本土，從現(xiàn)實的土壤中挖掘藝術源泉，創(chuàng)造出具有鮮活時代氣息和現(xiàn)實生活情感的繪畫作品。這些前輩大家的藝術思想和創(chuàng)作實踐為繪畫系奠定了深厚的學術傳統(tǒng)。
為適應藝術教育未來的發(fā)展，實現(xiàn)清華大學總體的目標，繪畫系努力向研究型的教育方向邁進。2000年，學院建立美術學博士點，繪畫系成立以張仃、吳冠中、袁運甫、陳丹青領銜的四個工作室，在全國率先招收繪畫實踐類的博士生，培養(yǎng)將理論研究和創(chuàng)作實踐相結合的高端藝術人才。2004年，學院建立藝術學博士后流動站，招收博士生進行大型及重點科研項目的合作研究工作，有效地推動了繪畫系的科研發(fā)展。同時，繪畫系面向國內(nèi)外招收訪問學者、普通碩士和藝術碩士，為藝術創(chuàng)作及理論研究營造良好的學術氛圍。繪畫系專業(yè)碩士項目組有：“中國畫創(chuàng)新實踐研究”、“書法創(chuàng)作與研究”、“綜合媒介藝術”。
繪畫系現(xiàn)設置四個專業(yè)方向：油畫、國畫、壁畫與公共藝術、版畫。四個專業(yè)研究方向不同，在當代藝術教育的背景與框架下，專業(yè)內(nèi)部與各專業(yè)之間能秉承相互學習吸收、相互促進、多樣并存的教學思路，在教學實踐中既強調(diào)傳統(tǒng)造型藝術基礎的重要性與主導作用，又提倡面對當代藝術的思考與探索實踐。自2009年開始，繪畫系每年派遣一定比例的學生赴歐美各國藝術學院進行考察、學習和交流，從而為學生提供寬視野、多角度、鼓勵創(chuàng)新的學習條件與環(huán)境。學生國際校際交換項目有：本科生交換項目——美國弗吉尼亞聯(lián)邦大學美術學院VCU。研究生交換項目——美國紐約州立大學布法羅分校。香港浸會大學交流項目。引進優(yōu)質社會資源，設立獎項鼓勵學生藝術創(chuàng)作。設立的獎項有：康頌繪畫獎、鳳凰藝術獎、楊洋勵學獎等。設立康頌、哈內(nèi)姆勒材料工作室，供師生藝術創(chuàng)作使用。
2018年10月，繪畫系承辦了第十四屆“全國高等藝術院校版畫教學與創(chuàng)作”年會。本次年會是首次在綜合性大學的美術學院舉辦，也是美術學院自1999年合并清華以來承辦的國內(nèi)最高學術水準、最大規(guī)模的版畫學術活動。通過此次年會充分展現(xiàn)了清華美院的學術面貌、版畫教學特色，提升與擴大清華美院的包容與多元的學術理念，展現(xiàn)清華學院在各藝術院校中的學術引領地位；通過此次年會體現(xiàn)清華大學強調(diào)文理滲透、重視藝術教育的教育理念及實施舉措。
近年來，繪畫系教師參加了眾多國內(nèi)外重要藝術展覽并獲各種獎項，其中國際展覽獲金獎1次，銀獎1次，銅獎1次，大獎2次；國家級展覽獲金獎9次，銀獎12次，銅獎4次，優(yōu)秀獎（最高）5次，優(yōu)秀獎5次，學術獎2次，佳作獎1次，文藝獎1次，大獎2次，獲獎提名4次。另外，繪畫系教師出版理論專著及教材24部，發(fā)表論文43篇，其中獲北京市高等教育精品教材1部，清華大學優(yōu)秀教材一等獎1部。教育部藝術學項目1項，國家社會科學基金藝術學項目1項，中國博士后科學基金資助項目4項，國家級一流課程4門，北京市高校名師獎1名，在校生中獲得獎項有：全國美展、日本國際瀧富士美術獎、威尼斯雙年展、國家獎學金等重大獎項。論文、作品發(fā)表于《裝飾》、《美術》、《美術觀察》、《美術研究》等核心期刊。
除教學科研工作外，繪畫系教師積極參與國家大型藝術項目的建設工作。如繪畫系前身原裝飾藝術系師生曾參與毛主席紀念堂藝術裝飾設計（1977年）、首都機場壁畫群（1979年）、香港回歸紀念雕塑《永遠盛開的紫荊花》（1997年）。建立繪畫系以來，師生們參與了中華世紀壇大型壁畫《中華千秋頌》（2000年）、三峽壩區(qū)藝術設計與文化建設總體規(guī)劃設計工程（2005年）、人民大會堂元首接見大廳壁畫（2009年）、國家重大歷史題材美術創(chuàng)作工程（2009年）等各個時期的國家級重大藝術創(chuàng)作任務，為國家建設及文化藝術事業(yè)的發(fā)展做出了應有的貢獻。
國家重大歷史題材美術創(chuàng)作工程：鄭藝《胡耀邦視察寧波》； 宋克《宋人建造保國寺》；王君瑞《永樂遷都北京》；王宏劍《楚漢相爭—鴻門宴》；王巍 《秦始皇統(tǒng)一中國》；代大權 《歌盡桃花——唐宋八大家》。紀念馬克思誕辰200周年美術創(chuàng)作工程：王鐵?！对趪H工人協(xié)會海牙代表大會上發(fā)言》；鄭藝《馬克思眺望東方》；宋克《馬克思為<紐約每日論壇報>撰稿》。紀念中國人民抗日戰(zhàn)爭及世界反法西斯戰(zhàn)爭勝利70周年美術作品展：鄭藝《東京審判》。最美中國人—慶祝中國共產(chǎn)黨第十九次全國代表大會勝利召開大型美術作品展：鄭藝《大國工匠徐立平》。長征頌紀念長征勝利80周年美術作品展：鄭藝《婁山關大捷》。中國共產(chǎn)黨建黨百年美術創(chuàng)作工程：王鐵?！惰F人王進喜》、《上甘嶺》；王君瑞《青藏鐵路》、《紅旗渠》；宋克《焦裕祿》；崔彥偉《黃河》、《長江》紅色序廳壁畫。國家藝術基金項目有：宋克（綜合材料繪畫創(chuàng)作人才培養(yǎng)）；葉健、丁葒（中國重彩畫創(chuàng)作人才培養(yǎng)）。個人創(chuàng)作項目：付斌《江城》；王汐月《斑斕新絲路》。
繪畫系有清華大學文科資深教授2名：杜大愷教授、劉巨德教授。
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